De Nederlandse overheid heeft alle vormen van meisjesbesnijdenis verboden. In het Nederlandse Wetboek van Strafrecht valt meisjesbesnijdenis onder opzettelijke mishandelingsdelicten of onder het onbevoegd uitoefenen van de geneeskunst. De artikelen 300 t/m 304 van het Wetboek van Strafrecht zijn van toepassing. De straf bedraagt vier jaar gevangenis voor zware mishandeling met voorbedachten rade.

Indien de besnijdenis door een ouder zelf wordt uitgevoerd op de eigen dochter, kan de straf met een derde worden verhoogd (artikel 304 sub 1). Ook in het geval dat de ouders opdracht geven voor een besnijdenis, hiervoor betalen, middelen leveren waarmee de besnijdenis wordt uitgevoerd en/of meehelpen tijdens de besnijdenis, zijn zij strafbaar. Deze handelingen worden beschouwd als mede-daderschap, uitlokking dan wel medeplichtigheid (artikel 47 en 48).

Artsen die meewerken aan meisjesbesnijdenis, kunnen worden berecht op grond van het medisch tuchtrecht.

Sinds 1 februari 2006 is het laten besnijden van een meisje in een land waar dit niet strafbaar is, ook strafbaar in Nederland.